Изучив собранные факты, специалисты пришли к выводу, что около 90 % сообщений об НЛО имеют либо астрономическое, либо метеорологическое объяснение. Подавляющее большинство из них связано с наблюдением Луны и ярких планет (особенно Венеры), облаков и полярных сияний, птиц, самолетов, аэростатов, ракет, метеоров, прожекторов и других явлений, понятных для профессионалов, но происходивших в необычных условиях или наблюдавшихся недостаточно квалифицированными очевидцами. Один из членов комиссии, известный американский астроном Дональд Мензел, опубликовал в 1953 году книгу Flying Saucers , в которой популярно разъяснил многие сообщения об НЛО на основе упомянутых выше явлений. На русском языке эта книга тоже опубликована (Мензел, 1962).
Однако газеты и телевидение продолжали публиковать сообщения об НЛО. Интерес особенно возрос в первые годы космической эры, начиная с 1957 года. Из США он перекинулся в Западную Европу, СССР, Австралию и другие страны. Вторая комиссия по изучению сообщений об НЛО работала в США в феврале 1966 года и пришла к таким же выводам, как и первая. Однако некоторые учёные и инженеры остались неудовлетворены работой этих комиссий.
Особенно активными противниками «естественной» гипотезы об НЛО были метеоролог Джеймс Макдональд и астроном Аллен Хайнек. Они считали, что некоторые сообщения об НЛО ясно указывают на деятельность пришельцев. Нужно заметить, что в середине 1960-х, после первых полетов в космос и в период подготовки экспедиций на Луну, наблюдался всеобщий всплеск интереса к космонавтике и поиску внеземных цивилизаций.
Шумиха, поднятая в газетах по поводу внеземного происхождения НЛО, встретила жесткий отпор большинства ученых. В 1968 году по заказу ВВС США Колорадский университет организовал группу из 37 экспертов под руководством крупного физика и специалиста по атомной энергии Эдварда Кондона. Их отчёт «Научное исследование НЛО» был рассмотрен специальным комитетом Национальной академии наук США и опубликован в начале 1969 года. В нем подробно проанализированы 59 сообщений об НЛО. В заключении отчёта Кондон категорически отвергает «внеземную гипотезу» и рекомендует прекратить дальнейшее изучение проблемы.
К этому времени в архиве проекта «Синяя книга» собралось 12 618 сообщений очевидцев НЛО. Все они были либо идентифицированы с одним из известных астрономических, атмосферных или искусственных явлений, либо остались неидентифицированы (часто по причине малой информативности сообщения). На основании доклада Кондона проект «Синяя книга» был закрыт в декабре 1969 года.