Однако и эти обязательства ливонцы не выполнили.
Кроме того, в сентябре 1557 года Ливонская конфедерация подписала с Великим княжеством Литовским так называемые «Позвольские соглашения», среди которых был и договор об оборонительно-наступательном союзе, направленном против Москвы.
Русские войска вступили на территорию Ливонии в январе 1558 года, и на протяжении трёх с лишним лет боевые действия там продолжались с переменным успехом. Очень быстро в войну втянулось Великое княжество Литовское, которое также претендовало на всю Ливонию. Кульминацией первого этапа Ливонской войны стала осада литовскими войсками крепости Тарваст (ныне Тарвасту в Эстонии) в июле-августе 1561 года.
Великий гетман литовский Николай Радзивилл убедил воевод Кропоткина, Путятина и Трусова сдать город, поклявшись отпустить вверенный им русский гарнизон. Но клятве изменил.
Участник осады и штурма Тарваста ротмистр Гваньини отмечал, что литовцы некоторых московитов взяли в плен, а некоторых перебили, при этом штурмующие, ворвавшись в замок, вели себя подобно татарам, разорив его дотла и не став восстанавливать разрушенные во время осады укрепления Тарваста.
Однако подавляющее большинство европейцев остались в уверенности, что в Ливонии неподобающим образом вели себя именно русские, а сами ливонцы, а также литовцы, поляки и шведы лишь «защищали христиан», под которыми подразумевались исключительно католики и протестанты.
Так, осенью 1561 года в Нюрнберге достаточно большим тиражом была напечатана гравюра Георга Бресслейна (Georg Bresslein) под названием «Зверства русских в Ливонии». На ней были изображены три повешенные на дереве обнажённые женщины, в которых стреляют из луков военные в русской и татарской одежде. Под деревом же находились тела убитых детей.
Гравюра была снабжена подписью:
«Весьма мерзкие, ужасные, доселе неслыханные, истинные новые известия, какие зверства совершают московиты с пленными христианами из Лифляндии, мужчинами и женщинами, девственницами и детьми, и какой вред ежедневно причиняют им в их стране. Попутно показано, в чем заключается большая опасность и нужда лифляндцев. Всем христианам в предостережение и улучшение их греховной жизни писано из Лифляндии и напечатано».
В ноябре 1561 года великий князь Литовский и король Польский Сигизмунд II Август подписал с Готхардом Кетлером, ландмейстером Тевтонского ордена в Ливонии, так называемую «Виленскую унию», ознаменовавшую распад Ливонской конфедерации.
В соответствии с этим документом, на части земель Ливонского ордена образовывалось светское государство — Герцогство Курляндское и Семигальское во главе с Кетлером в качестве герцога, который признавал себя вассалом Великого княжества Литовского, а остальная, большая часть территории Ливонии, напрямую отходила Великому княжеству Литовскому.