От Хорчицки манускрипт попал в руки его друга – чешского алхимика Георга Бареша, жившего в Праге в начале XVII века. Узнав, что известный ученый Атанасиус Кирхер опубликовал коптский словарь и расшифровал египетские иероглифы, любознательный Бареш скопировал часть рукописи и в 1639 году дважды послал этот образец Кирхеру с просьбой о помощи. Если учесть, что именно Кирхер был одним из самых известных выдумщиков и мистификаторов, сочинившим «Оду Пиндара», то ситуация вырисовывается забавная. Даже Кирхер не мог помочь в расшифровке, но положил глаз на таинственную книгу, сулившую много новых открытий и мистификаций. Он предложил Барешу продать ее. Тот книгу не понимал, но продавать отказался. После смерти Бареша она перешла к ректору Пражского университета Иоганну Марци. Его письмо все тому же Кирхеру с той же просьбой, но датированное уже 1666 годом было приложено к книге. Дальше она попала вместе с остальной перепиской Кирхера в библиотеку Римской коллегии (Григорианский университет) и оставалась там, пока войска Виктора Эммануила II не захватили город в 1870 году. Папское государство было присоединено к Италии. Новые власти конфисковали у церкви большое количество имущества, в том числе библиотеку. Сотрудники библиотеки в спешке разбирали книги по домам, чтобы они не попали в руки новой власти. Так рукопись Войнича попала в имение иезуитов. Об этом свидетельствует и помещенный в книге экслибрис Нетруса Беке – в то время главы иезуитского ордена.
После смерти британского антиквара, а до этого – литовского революционера Вильфрида Войнича книга оказалась у его вдовы – знаменитой писательницы Этель Лилиан Войнич, которую все знают по роману «Овод». В 1959 году букинист Ханс Краус приобрел у нее рукопись за 24 500 долларов и в 1969 году подарил ее библиотеке редких книг «Бейнеке» Йельского университета, где она и хранится до сих пор. Книгу стали называть «рукопись Войнича», тем более что означенный владелец утаил имена предыдущих обладателей.
В книге было около 240 страниц на пергаменте. На обложке не содержалось никаких надписей или рисунков. Размеры страницы – 16,2×23,5 см, толщина книги – 5 см. Пробелы в нумерации страниц, которая была произведена позже написания книги, указывали на то, что некоторые страницы затерялись до того, как она попала в руки Вильфрида Войнича. Вначале она содержала не менее 272 страниц. Текст был написан гусиным пером. Чернила составлены на основе железистых соединений галловой кислоты, ими же были выполнены рисунки. Кроме того, иллюстрации были раскрашены цветными красками уже после написания книги.